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La Cordillera de los Andes presenta tres grandes diferencias o sectores, uno de ellos son los Andes Áridos donde se encuentran las mayores alturas, con pasos a mucha altura.
Los Andes de Transición que se presentan a menor altura, son los pasos fronterizos de comunicación con Chile. Durante el invierno las nevadas provocan frecuentes cierres de esos pasos, que dificultan los contactos con el país vecino.
Los Andes Patagónicos Fueguinos donde se concentra la mayor cuenca lacustre de la Argentina. Entre los lagos más grandes están el Buenos Aires, Argentino, Viedma, Fagnano y Nahuel Huapi
Se presentan en forma de cordones aislados, separados por amplios valles. Desde el paso de Pino Hachado hasta la isla de los Estados, donde se hunden, se encuentran las dos áreas muy elevadas (más de 3.000 metros), separadas por un sector donde las cumbres no superan los 2.500 metros sobre el nivel del mar.Aún quedan unos restos de la última glaciación en el campo de hielo continental, del que vienen numerosos glaciares como el Perito Moreno, entre otros.

LAGO NAHUEL HUAPI
 
Los ríos que nacen en esta cordillera tienen gran potencia hidráulica por lo que pueden ser aprovechados para obtener energía hidroeléctrica. Sobre el río Futaleufú se construyó una represa, que lleva el mismo nombre mientras que el lago artificial que forma ha sido bautizado Amutui Quimei que en mapudungun significa Belleza Escondida ya que sumergió una excepcional zona de rápidos, con el fin de sacar provecho de todo este potencial energético.
Del mismo modo se han construido otras grandes represas tales como las de:El Chocón, Cerros Colorados, Casa de Piedra, Picún Leufú, Piedra del Águila, Collón Cura, y se encuentran en proyecto varias otras, por ejemplo en el curso del río Santa Cruz. El régimen hidrográfico de esta zona tiene dos crecientes anuales, la invernal por causa de lluvias, y la la primavera, esta se produce por deshielo.
La temperatura varía con la altura. Los vientos predominantes del oeste son húmedos, originan abundantes precipitaciones con máximas en invierno. Las laderas están cubiertas por bosques que llegan normalmente hasta el nivel de las nieves permanentes. Presentan dos pisos: el arbóreo, que puede llegar a superar los 20 metros de altura, y el sotobosque, formado por arbustos como el notro ó el calafate y cañas colihue o coligüe.
Entre las especies arboreas se destacan coníferas y fagaceas: el pehuén o araucaria araucana, el gigantesco lahuán o “alerce patagónico”, el lipain o “ciprés patagónico”, el cohiue o “guindo”, el quetri o arrayán, el rauli, el radal, el ñiré, el maitén y la lenga.
La acción humana introdujo especies vegetales y animales que se han aclimatado y expandido por el área, como la rosa mosqueta, ciervos europeos, jabalíes, visones y salmónidas; sin embargo, estas especies contribuyeron también con la depredación de las especies autóctonas originales de la zona.
Para preservar las condiciones naturales de este ámbito, se hicieron numerosos Parques Nacionales, como el Lanín, el Nahuel Huapi y el de Los Glaciares, que fueron declarados Patrimonio Mundial Natural por la UNESCO en 1981. El Parque y Reserva Nacional Los Glaciares, protege el área de los glaciares que desprende hacia el este el Campo de Hielo Continental.
El glaciar El Viedma, sobre el lago homónimo, y los glaciares Upsala, Onelli, Spegazzini, Mayo y Perito Moreno en el lago Argentino. Este campo cubre la cordillera patagónica a lo largo de 350 kilómetros y es compartido con Chile. Otros parques nacionales argentinos en la región son el de Los Arrayanes, Los Alerces, Laguna Blanca, Lago Puelo, PN Perito Moreno, Monte León, PN Tierra del Fuego, MN Bosques Petrificados, estando asímismo en la categoría de Patrimonio Mundial Natural el área de la Península Valdés.